Cette unité d’enseignement a pour objectif de faire découvrir aux étudiant-e-s les avancées récentes de la métagénomique, c'est-à-dire de l’étude des communautés microbiennes au sein même des écosystèmes, et ce notamment via le développement du séquençage à haut-débit. L'enseignement sera consacré à la présentation des concepts fondamentaux (de la (méta)génomique, du séquençage à haut-débit) et à la répercussion de ces avancées dans différents domaines de recherche : e.g., évolution (exploration de la biodiversité), écologie (suivi des écosystèmes), médical (détection de pathologie) et biologie moléculaire (organisation du génome et du transcriptome).
En pratique, il sera proposé d’effectuer un échantillonnage du microbiome des sols de Sorbonne Université, de générer des données avec un séquenceur de 3ème génération (MinION), puis d’analyser ces données en les replaçant dans un contexte plus global (e.g., Earth Microbiome Project). Les séances des travaux pratiques seront dispensés en anglais.
En pratique, il sera proposé d’effectuer un échantillonnage du microbiome des sols de Sorbonne Université, de générer des données avec un séquenceur de 3ème génération (MinION), puis d’analyser ces données en les replaçant dans un contexte plus global (e.g., Earth Microbiome Project). Les séances des travaux pratiques seront dispensés en anglais.
- Teacher: Lucie Bittner
- Teacher: Clement Carre
- Teacher: Oceane Casanova
- Teacher: Sophie Garnier
- Teacher: Julie Leloup
- Teacher: Laure Teysset